Sinopsis[]
La historia comienza dos años después de que el mundo se liberara de la Oscuridad. Un joven dragón se escapa de un castillo en el cielo y es perseguido por un gran dragón rojo. Se estrella en la tierra dejando un cráter...
Shu y Bouquet se han unido a la Resistencia contra el General Logi; Shu acababa una incursión contra un dirigible de Rosekstan que llevaba suministro. Shu utiliza un exo-traje, parecido a los utilizados por Rosekstan, para ir con Bouquet al cráter. En el cráter encuentran una flota de Rosekstan, el dragón rojo y un niño llamado Noi que tiene la capacidad de despertar a las Sombras. Con la ayuda de Noi, Blue Dragon vuelve una vez más para ayudar. Pero, ¿es suficiente su poder para luchar con un nuevo enemigo cuyo poder podría estar por encima de todo lo visto antes?